第1話「王たちの騎士」Knight of Crowns

クエンティンと仲間たちは悪の魔法使い《ビースト》との対決で命を落とす者が出るなど大打撃を受けたが、アリスが神のエンバーに与えられた力で難を逃れる。しかし《ビースト》は、レイナードへの復讐に燃えて自分と取引したジュリアを連れ、どこかに姿を消してしまう。クエンティンたちは打倒《ビースト》のための魔術を求め、フィロリーにあるホワイトスパイア城に向かうが、そこでエリオットは王位を継承することになる。

第2話「ホテルのスパで妙薬を」Hotel Spa Potions

エリオットを除く仲間４人はフィロリーを後にし、ブレイクビルズ大学に戻り、《ビースト》に対抗するための強力な戦闘魔術《ライネマン・ウルトラ》を得る手がかりを図書室で見つける。そんなニューヨークには《ビースト》とジュリアも。フロリダで連続殺人事件を起こしたと思われるレイナードを呼び寄せるため、《ビースト》はヘッジ・ウィッチのマリナを囮にしようとするが、そんなマリナはかつて自分を放校処分にしたヘンリーと再会する。

第3話「神と罠」Divine Elimination

打倒《ビースト》の作戦を練ったクエンティンら４人はフィロリーに戻るが、フィロリーの玉座（スローン）に座った面々は次々と様子がおかしくなる。かつて《ビースト》は玉座に座った人々が殺し合うよう、呪いをかけていた。ニューヨークで、ジュリアはレイナードへの復讐のため、《ビースト》やマリナと行動していたが、現れたレイナードにマリナが襲われる事態が。フィロリーとニューヨークの出来事が、予想外にシンクロしていく。

第4話「空飛ぶ森」The Flying Forest

ある仲間が命を落とし、クエンティンも重傷を負う一方、フィロリーでは魔法の源泉がエンバーの排泄物によって汚染されていることが発覚。フィロリーの王エリオットは、自分には国を救えないと絶望し始めるようになる。ジュリアはかつてブレイクビルズでペニーの恋人だったケイディと再会し、レイナードに殺されたマリナをよみがえらせられないかと依頼する。クエンティンはペニーを誘い、《空飛ぶ森》で《ホワイト・レディー》を捜す。

第5話「特別な日」Cheat Day

ニューヨークに戻ったクエンティンはサラリーマンとなって平凡な生活を送るが、オフィスでかつてブレイクビルズの学生だったエミリーと再会する。ペニーは、元に戻ったが魔法を使えない両手の治療で、マヤコフスキー教授がいる南極に向かう。フィロリーでは、地球人を嫌うフィロリー連合軍のベイリーにエリオットが殺されかける事件が発生。ジュリアは妊娠していると分かるが、お腹の子の父親はリチャードかレイナードか不明だった。

第6話「不毛地帯」The Cock Barrens

レイナードを捜すジュリアとケイディは、40年前にレイナードを消した女性を見つけようと、40年前に火災が起きた工業団地の跡地へ。ペニーは自分の手を治すために必要な苔（こけ）を求めてフィロリーへ。エリオットはローリア国の王子エスの訪問を受け、魔法の源泉が汚染されたことでローリア国でも魔法が弱まっていると知らされる。そして両国間で協定を結ぼうと提案されるが、エスがマーゴと結婚するという条件をマーゴは拒絶する。

第7話「第2の作戦」Plan B

クエンティンは最近見かけるようになった、まったく性格が正反対なもう1人のアリスにますます悩まされる。ジュリアはお腹の子を中絶しようとコリアンタウンのシャーマンたち、《ムダン》を訪ねるが彼らは、胎児は悪魔だといい、金ののべ棒100万ドル分を要求してくる。ジュリアはクエンティンら仲間たちを誘い、銀行強盗を計画。しかし銀行は通常の防犯対策に加え、金庫を魔術師から守るための厳重なセキュリティが施されていた。

第8話「契りの言葉」Word as Bond

心にあった《陰（シェード）》を取り除かれたジュリアが、何か振り切れたかのように大胆な性格に変わって戸惑うケイディだが、レイナードの捜索のため、彼がデーナに産ませた子供を見つけようと懸命なジュリアと行動し続ける。クエンティンはもう1人のアリスと、深夜0時から１時間だけ彼女に自分の体を貸し出すという約束を交わす。同じ頃、フィロリーとローリア国の間では戦争を避けられない事態に。ジュリアはそれを利用する。

第9話「決闘の日」Lesser Evils

ジュリア、ケイディ、ペニーは、40年前に生まれたレイナードの息子であるゲインズ上院議員との面会へ。ジュリアたちはゲインズをブレイクビルズに連れて行くが、そこにゲインズを捜すレイナードが追ってくる。一方、フィロリーではローリア国との戦争を避けようと、王であるエリオットはローリア国のイドリ王と決闘することを受け入れる。しかしフィロリーでは魔法の源泉が汚染された影響で、魔法のパワーが弱くなっていた。

第10話「タイムループ」The Girl Who Told Time

フィロリーではある新たな儀式の準備が進むが、ペニーはケイディを手伝おうと、彼女が必要としている書物がある、ナイザーランドの図書館の職員《オーダー》と、自分の人生を奪われかねない危険な契約をしてしまう。さらに図書館の奥には、世界を一変させうる《毒の部屋》があった。一方、ある難題を乗り越えたクエンティンは、無気力な毎日を過ごし続けていたが、ジュリアの心から消えた《陰（シェード）》のゆくえが気がかりに。

第11話「地下世界」The Rattening

クエンティンとジュリアは、ジュリアやアリスの心にあった《陰（シェード）》を見つけようと、冥界に行くことを決心。しかし冥界に飛び込むためには、その番人である“古（いにしえ）の生き物”、ドラゴンと交渉する必要があった。しかもクエンティンたちは、24時間というタイムリミットの間に問題を解決しなければならなかった。一方、米国の首都ワシントンD.C.ではゲインズ上院議員が父親レイナードから干渉されるようになっていた。

第12話「予期せぬ展開」Ramifications

クエンティンとジュリアは、アリスを元に戻そうとマヤコフスキー教授を訪ねる。一方、ペニーは図書館で出会った少女シルビアと共に、《毒の部屋》に行く計画を立てる。そしてフィロリーを追放されたエリオットはクエンティンのもとへ。2人はフィロリーへの扉である時計を探すうち、意外な人物と出会って驚く。そんなフィロリーでは、マーゴが《妖精》の国から戻らず、ブレイクビルズの学生だったジョシュがフィロリーの王になる。

第13話「神の正体」（最終話）We Have Brought You Little Cakes

クエンティンとエリオットは神であるエンバーがフィロリーを破壊しかねないと知り、《妖精》の国でも魔法の力は弱まりだす。マーゴは《妖精》の女王と会い、エンバーをおびき寄せるためのパーティーが開かれることに。一方、《毒の部屋》から戻ったペニーは、呪術が原因と思われる重病にかかり、余命数週間であることが判明する。クエンティンは元に戻ったアリスから驚愕の事実を聞かされるが、世界にはその通りに巨大な異変が…!?

第1話「運命の出会い」Unauthorized Magic

ひきこもりがちな青年クエンティンとその幼なじみジュリアは、彼らが愛読した幻想小説「フィロリーとその先」の舞台フィロリーにたどり着く。それから彼らは魔法使いを育成するブレイクビルズ大学院の入試を受け、クエンティンは合格するがジュリアは不合格。寮で暮らし始めたクエンティンは突然、得体の知れない悪の魔法使い“ビースト”と遭遇する。一方、落胆したジュリアはある男に誘われ、謎の組織“ヘッジ・ウィッチ”の一員となる。

第2話「魔法の起源」The Source of Magic

クエンティンと仲間たちは、自分たちが死者を呼び出したせいで“ビースト”が出現したとバレて退学になることを恐れるが、ある仲間の密告でクエンティンだけが退学処分を受けることに。さらにクエンティンは“スペシャリスト”によって、大学院や魔法に関する記憶をすべて消されそうになる。ジュリアは“ヘッジ・ウィッチ”のアジトに行くが、同じ新人だというマリナと一緒に冷凍庫に閉じ込められ、そこで動く遺体に襲われる。

第3話「先進魔術の影響」Consequences of Advanced Spellcasting

アリスは５年前に亡くなった兄チャーリーの霊を呼び出すことをあきらめられないでいた。そんな中、ヴァン・ペルト噴水で学生が襲われる事件が起き、クエンティンとアリスはチャーリーのしわざではないかと疑う。やがてアリスは兄の死について新事実を知りショックを受ける。一方、盗まれた本を取り返すためＮＹにやって来たクエンティンとエリオットは、“ヘッジ・ウィッチ”が魔法を特訓している場所でジュリアと再会する。

第4話「壁の中の世界」The World in the Walls

ある朝起きたクエンティンは、自分が精神科病院に入院していたので困惑する。病院にはアリスなどの仲間たち、学生部長もいるが、どうやらいつもと様子が異なる。クエンティンは、ひょっとしたらブレイクビル大学院や魔法使いはどれも自分の幻想で、自分がまだ病気なのではないかと疑い出すが、何者かに魔法をかけられた可能性もあり、ルームメイトのペニーに協力してもらおうと、ある奇策を思いついてペニーを呼び出すことに…。

第5話「人間関係の修復」Mendings, Major and Minor

ブレイクビルズから記憶の箱を盗んだ“ヘッジ・ウィッチ”のマリナは絶大な魔力を得た上、自分を裏切ったジュリアを“ヘッジ・ウィッチ”のアジトから締め出す。一方、クエンティンのもとに父親が病で倒れたという連絡が。父親を訪ねたクエンティンは父親が脳腫瘍を発症したことを知り、魔法で治せないかと悩む。自分が他の世界に行ける“トラベラー”だと知ったペニーは幽体離脱をし、頭の中で聞こえる女性の声の主のもとに向かう。

第6話「実現困難な課題」Impractical Appddcations

クエンティンはペニーがフィロリーに行き、“ビースト”がフィロリーから来たかもしれないと知り、フィロリーが夢の世界ではないと考え出す。ジュリアは以前マリナの仲間だったハナという女性と出会うが、彼女はブレイクビルズの院生で“ヘッジ・ウィッチ”に協力するケイディの母親だった。一方、ブレイクビルズでは上級生が１年生に３つの課題を出し、１つでもクリアできないと退学させられる試験“トライアル”が開かれる。

第7話「マヤコフスキー教授」The Mayakovsky Circumstance

クエンティン、アリス、ペニー、ケイディは鳥に姿を変えて南極大陸に飛び、マヤコフスキー教授の型破りな授業を受けることに。ペニーを“トラベラー”だと見破った教授はペニーに特訓を受けさせるが、ペニーは死にかけてしまう。またペニーはケイディの心を読み、彼女が隠してきた秘密を知ってしまう。さらに教授は、クエンティンとアリスを裸にして雪の中に放り出してしまう。エリオットは図書室で知り合ったマイクと親しくなる。

第8話「呪いのかかったナイフ」The Strangled Heart

クエンティンはアリスから、南極での経験は無かったことにし、しばらく距離を置こうと提案される。ジュリアは魔法と決別しようと更生施設に入所するが、そこで牧師のリチャードと出会う。実は彼もブレイクビルズを卒業した魔法使いで、ジュリアに不思議な体験をさせる。同じ頃、エリオットはすっかりマイクに心を奪われていたが、突然マイクがエリオットを襲い、ブレイクビルズ中が大騒ぎに。マイクは“ビースト”に操られていた。

第9話「フィロリーの生誕地」The Writing Room

クエンティンは「フィロリーとその先」第６巻を失くしたことを悔やんでいたが、本はペニーに盗まれ、ゴミ箱に捨てられてしまっていた。ペニーによれば著者はクリストファー・プロバーではなくジェーン・チャットウィンで、これまでのフィロリーの話は嘘だとされていた。クエンティンは英国にあるプロバーの屋敷に行こうと決心し、アリス、ペニー、エリオットもついて行く。一行は現地で意外な事実を知るなど、驚くべき体験をする。

第10話「帰郷」Homecoming

クエンティンたちは、プロパー邸の地下牢でフィロリーへの扉を開ける鍵であるボタンを手に入れる。ところが帰国後、ボタンに触れたペニーは噴水だらけの謎の土地にトラベルしてしまう。そこはナイザーランドと呼ばれ、ある世界と別の世界を繋ぐ中継点だった。そこで出会った女性イブに襲われたペニーは幽体離脱し、クエンティンの心に飛んで助けを求める。その頃ブレイクビルズの面々も、それぞれ困難な状況に追い込まれていた。

第11話「救済のための戦闘魔術」Remedial Battle Magic

ナイザーランドからペニーが持ち帰った資料によれば、“ビースト”を殺せる“リオ・ブレード”というナイフがあるという。ところが“リオ・ブレード”は行方不明になっていた。クエンティンは“リオ・ブレード”を捜し出すためフィロリーに行こうと意気込むが、ナイザーランドにはビーストの手下がいて殺される可能性が高く、仲間たちと意見が対立してしまう。そこで一同は“戦闘魔術”を会得せんと訓練に取り組むが、意外な事態に…。

第12話「40回目の人生」Thirty-Nine Graves

ナイザーランドへ向かったクエンティンたちは、そこでイブと手下たちに見つかり、クエンティンだけが地球に生還する一方、仲間たちは“図書館”に逃げ込む。地球で学生部長と再会したクエンティンは、自分が既に39回も死んでいて、次の“ビースト”との戦いが“ビースト”を倒すためのラストチャンスだと知らされる。その後クエンティンはジュリアと再会して和解した後、ジェーンを待ち伏せすべく1942年へタイムトラベルする。

第13話「フィロリーへの旅」（最終話）Have You Brought Me ddttle Cakes

クエンティンは自分で「フィロリーとその先」の最終章を執筆し始める。フィロリーを生んだ“神”の１人、エンバーに会おうと1942年のフィロリーに来たクエンティンとジュリアは、チャットウィン家のある人物が黒幕だったことを知る。そしてジュリアの記憶が一部修正され、塗り替えられていることも明らかに。クエンティンとジュリアは現代のフィロリーで“リオ・ブレード”を使い、黒幕にとどめを刺そうとするが…。物語は衝撃のクライマックスへ！